Les formats d'images supportés par xyscan dépendent de la plateforme utilisée. Par défaut, xyscan supporte les formats suivants:
| Format | Description |
| BMP | Windows Bitmap |
| GIF | Graphic Interchange Format (optional) |
| JPG | Joint Photographic Experts Group |
| JPEG | Joint Photographic Experts Group |
| PNG | Portable Network Graphics |
| PBM | Portable Bitmap |
| PGM | Portable Graymap |
| PPM | Portable Pixmap |
| XBM | X11 Bitmap |
| XPM | X11 Pixmap |
Les fichiers TIF et PNG sont supportés par la plupart des plateformes testées. Notez que vous pouvez utiliser tous les formats (PDF, EPS, ...) qui ne sont pas directement supportés, en utilisant un afficheur externe, par simple copier/coller dans xyscan (voir Utiliser le presse-papier).